เวย์เลอร์ถูกส่งให้ไปดำรงตำแหน่งข้าหลวงใหญ่แห่งสเปนประจำคิวบา ทั้งนี้เป็นไปตามนโยบายใหม่ของรัฐบาลอันโตนิโอ กาโนบัส เดล กัสติโย ซึ่งตัดสินใจไม่ประนีประนอมกับกลุ่มกบฏในคิวบาอีกต่อไป ดังนั้นแล้วเมื่อเวย์เลร์มาถึงคิวบา เขาได้รับอำนาจเต็มจากรัฐบาลในการกำจัดกลุ่มกบฏที่กระด้างกระเดื่องกับรัฐบาลอาณานิคม[4] ฟื้นฟูอำนาจทางการเมืองของรัฐบาลสเปนภายในคิวบา ตลอดจนทำให้ผลผลิตน้ำตาลในคิวบายังคงสามารถเติบโตไปได้ในคิวบา

ในช่วงต้นกองกำลังของเวย์เลร์ประสบความสำเร็จในการปราบปรามพวกกบฏ อย่างไรก็ตามพวกกบฏหนีเข้าป่าและได้รับการสนับสนุนจากชาวบ้านที่ให้ข้าวปลาอาหารตลอด และมักจะปิดบังที่ซ่อนของกลุ่มกบฏตลอดเวลาที่พวกทหารสเปนจะใช้งาน ซึ่งกลายเป็นปัญหาของรัฐบาลเวย์เลร์ เพราะการที่ชาวบ้านให้การช่วยเหลือกบฏแบบนี้ทำให้พวกเขาไม่สามารถปราบปรามกบฏได้อย่างเด็ดขาด เวย์เลร์เล็งเห็นว่าปัญหานี้เกิดขึ้นจากที่ชาวบ้านร่วมมือกับกบฏ ดังนั้นหากแยกชาวบ้านออกจากกบฏก็จะทำให้กลุ่มกบฏเสียกำลังและอาหารไปเอง รัฐบาลเวย์เลร์เริ่มทำการแบ่งพื้นที่ทั่วทั้งเกาะคิวบาออกเป็นส่วน ๆ จากนั้นก็โยกย้ายผู้คนตามหมู่บ้าน ชนบท หรือทำการเกษตร ไปอยู่ตามเมืองใหญ่ ไม่ก็ให้อยู่ตามนิคมที่รัฐบาลอาณานิคมได้สร้างเอาไว้ ซึ่งการโยกย้ายที่อยู่ครั้งสำคัญนี้ทำให้ประชากรกว่า 300,000 คน สูญเสียที่อยู่และส่วนมากเป็นผู้หญิงและก็เด็ก ส่วนพื้นที่ว่างที่เหลือที่อยู่นอกเหนือจากพื้นที่ที่รัฐบาลอาณานิคมกำหนด เวย์เลร์ก็จัดให้ทำลายพื้นที่เหล่านั้นไม่ให้ทำอะไรได้ ไร่นาและสวนอ้อยของเกษตรถูกเผาทำลายราบ ปศุสัตว์ถูกทำลายและฆ่า รัฐบาลอาณานิคมเข้าควบคุมพื้นที่ชนบทของเกาะคิวบาไว้ทั้งหมด และทำให้พื้นที่เหล่านี้ไม่เอื้ออำนวยต่อกลุ่มกบฏให้ได้มากที่สุด

นโยบายของเวย์เลร์ได้รับการตั้งชื่อว่าเป็นนโยบาย "การจัดระเบียบใหม่" (reconcentración) ซึ่งประสบความสำเร็จมากในการตัดท่อน้ำเลี้ยงของกลุ่มกบฏที่หลอกหลอนรัฐบาลอาณานิคมมาอย่างยาวนาน อย่างไรก็ตามนโยบายนี้ก็ได้มอบฉายาให้กับเวย์เลร์ว่าเป็น "นักเชือด" (El Carnicero)[5]เพราะการรวบรวมผู้คนเอาไว้มาอยู่ในที่เดียว ในพื้นที่ที่มีการทำการเกษตรน้อยกว่าเดิมนั้น ส่งผลโดยตรงต่อมิติทางเศรษฐกิจที่ทำให้การจัดสรรอาหารให้น้อยลง และทำให้ชาวคิวบาในชนบทอดอยากและหิวโหย ตลอดจนสุขลักษณะที่ไม่ดีจนเกิดโรคระบาดกระจายไปตามนิคมต่าง ๆ ที่รัฐบาลอาณานิคมคิวบาจัดการเอาไว้ ส่งผลโดยตรงทำให้มีคนตายไปมากถึง 150,000–400,000 คน[6][7] และทำลายระบบนิเวศการบริหารพื้นที่ของชาวคิวบา ตลอดจนทำลายความศรัทธาที่มีต่อรัฐบาลอาณานิคมไปจนหมดสิ้น ผลจากการดำเนินนโยบายการจัดระเบียบใหม่นอกจากสร้างความเสียหายต่อภาคเศรษฐกิจของคิวบาเองที่ไม่สามารถส่งออกน้ำตาลได้ที่ควร และยิ่งทำให้เกิดความตึงเครียดทางการเมืองระหว่างสเปนกับสหรัฐอีก

อย่างไรก็ตามการดำเนินงานของเวย์เลร์ล้วนแล้วแต่ได้รับการหนุนหลังจากรัฐบาลพรรคอนุรักษ์นิยมของเดล กัสติโย การกวาดล้างกลุ่มกบฏตลอดจนการควบคุมชาวสวนตามชนบทยังเป็นไปอย่างต่อเนื่อง จนกระทั่งมีการผลัดเปลี่ยนรัฐบาลที่สเปน ในปี 2440 เวย์เลร์ถูกเรียกตัวกลับ และมีการปรับแผนนโยบายใหม่ในคิวบา หนึ่งในความเปลี่ยนแปลงคือการทำลายนโยบายการจัดระเบียบผู้คนและการกักกันผู้คน ซึ่งรวมระยะเวลาที่เวย์เลร์ปฏิบัติการณ์ที่คิวบาคิดเป็นระยะเวลา 1 ปี 10 เดือน